Desde a sua criação, o Observatório de Autoavaliação de Escolas tem sido alvo de procura por parte de vários Agrupamentos de Escolas/Escolas não Agrupadas da zona norte de Portugal, com o objetivo de receberem apoio no âmbito das questões da autoavaliação em contexto da AAE. A colaboração interinstitucional é celebrada entre o Centro de Investigação em Educação da Universidade do Minho e os Agrupamentos de Escolas/Escolas não Agrupadas, na base do voluntariado, open science e da aproximação da ciência à sociedade. É da responsabilidade dos Agrupamentos de Escolas/Escolas não Agrupadas a criação das condições necessárias à realização de atividades no âmbito do Observatório de Autoavaliação de Escolas. A assessoria realizada pelos investigadores é gratuita e periodicamente são realizados seminários com a participação quer dos investigadores do Observatório, quer de professores das escolas associadas.
2.ª Fase
Na 1.ª fase, participaram no Observatório de Autoavaliação de Escolas 21 Agrupamentos de Escolas/Escolas não Agrupadas e, na 2.ª fase, fazem parte as seguintes:
Agrupamento de Escolas Amadeo de Souza-Cardoso
Agrupamento de Escolas Arqueólogo Mário Cardoso
Agrupamento de Escolas Carlos Amarante
Agrupamento de Escolas D. Afonso Henriques
Agrupamento de Escolas D. Dinis
Agrupamento de Escolas de Carvalhos
Agrupamento de Escolas de Celorico de Basto
Agrupamento de Escolas de Eiriz
Agrupamento de Escolas de Fafe
Agrupamento de Escolas de Freixo
Agrupamento de Escolas de Infias
Agrupamento de Escolas de Monção
Agrupamento de Escolas de Ribeirão
Agrupamento de Escolas de Terras de Bouro
Agrupamento de Escolas de Valdevez
Agrupamento de Escolas Dr. Bento da Cruz
Agrupamento de Escolas Dr. Carlos Pinto Ferreira
Agrupamento de Escolas João de Meira
Agrupamento de Escolas Muralhas do Minho
Agrupamento de Escolas Santos Simões
Conservatório de Música Calouste Gulbenkian de Braga
Conservatório de Música do Porto
Escola Secundária de Barcelinhos
Escola Secundária Martins Sarmento
Cada Agrupamento de Escolas/Escolas não Agrupadas tem uma equipa de acompanhamento com os investigadores do Observatório de Autoavaliação de Escolas, que estabelecem o contacto e apoiam as escolas nas suas dúvidas, interesses e necessidades relacionadas com os respetivos processos e práticas de autoavaliação.